Drugi izbori u Bosni i Hercegovini nakon završetka rata naznačili su jednim dijelom promjene, prvenstveno se to ogleda u Republici Srpskoj gdje je Srpska demokratska stranka postala opoziciona stranka. Vlast je pripala Koaliciji „Sloga“ koju su činili Srpski narodni savez, Socijalistička partija i Stranka nezavisnih socijaldemokrata. Ovdje je važno napomenuti da je 18. januara 1998. godine Milorad Dodik sastavio svoju prvu Vladu.
Opšti izbori održani su 15. septembra 1998. godine. Za članove Predsjedništva izabrani su Alija Izetbegović, kao predstavnik bošnjačkog naroda iz redova SDA-a, Živko Radišić iz Republike Srpske, ispred koalicije „Sloga“ i Ante Jelavić, iz reda hrvatskog naroda, član HDZ-a BiH.
U Predstavnički dom Parlamentarne skupštine BiH sa najviše osvojenih mandata ulazi Koalicija za cjelovitu i demokratsku BiH(sastavljena od bošnjačkih stranaka) osvojivši 17 poslanika, zatim HDZ BiH sa šest, Srpska demokratska stranka sa četiri, Koalicija „Sloga“ i SDP BiH takođe sa po četiri mandata, po dva mandata osvajaju SRS RS i Socijaldemokrati BiH, a po jedan mandat osvajaju Nova hrvatska inicijativa, Radikalna stranka RS i DNZ BiH.
Kada je u pitanju izbor Predsjednika Republike Srpske tu pobjedu odnosi Nikola Poplašen iz SRS RS, nastupivši u koaliciji sa SDS-om i osvojivši 43,9% glasova, dok drugo mjesto zauzima Biljana Plavšić ispred Koalicije „Sloga“ osvojivši 39% glasova. Ostali kandidati imali su značajno manji broj glasova. Potpredsjednik Republike Srpske postaje Mirko Šarović iz SDS-a.
Mandate u Narodnoj skupštini Republike Srpske osvajaju SDS sa 19 poslanika, Koalicija za cjelovitu i demokratsku BiH 15, Srpski narodni savez 12, SRS RS 11, Socijalistička partija 10, SNSD šest, Radikalna stranka tri, Srpska koalicija za RS dva, SDP BiH dva, Nova hrvatska inicijativa, HDZ BiH i lista Za kralja i otadžbinu po jedan mandat.
Kada je u pitanju Predstavnički dom Federacije BiH, najviše mandata osvaja Koalicija za cjelovitu i demokratsku BiH i HDZ BiH, dok od srpskih stranka prolazi jedino Socijalistička partija sa dva od 89 mandata. Slično stanje je i u kantonima gdje pobjedu dijele stanke sa najviše mandata u Predstavničkom domu Federacije.
